Por fin, por fin dí con la tecla para que la PS3 reprodujera los vídeos a 50 fps con el motionflow de la tv.
Es de la configuración de la PS3:
Menú ajustes -- ajustes de vídeo -- Salida de vídeo de 50 Hz
Hay que ponerlo en "50 Hz". Yo lo tenía en "automático" y así no se activaba el motionflow en la tv.
Al empezar a reproducir el vídeo se pone la pantalla en negro durante 1 segundo y luego empieza a reproducir.
Muchas gracias a Franky80 y a los demás por las pistas.