El problema de dejar el corte tan alto es que las frecuencias a partir de 80-100Hz comienzan a ser direccionales, es decir, en ciertos momentos te darás cuenta de que ciertos sonidos salen del subwoofer. Esto es especialmente notorio si el sub está en una esquina o no digamos detrás de ti, ya que escucharás ciertos graves viniendo de esa esquina o de detrás tuyo. Si el sub está entre los dos frontales, el efecto queda más disimulado.
El problema que tienes es probablemente que el sub y los frontales se cancelan cuando pones el corte más bajo. Si el sub tuviera una rueda de fase que pudieras ir variando poco a poco podrías dejarlo bastante bien sin tener que subir tanto el corte. Pero al tener sólo un interruptor de 0º o 180º no tienes esa posibilidad. Sin embargo puedes hacerlo variando la distancia que Audyssey calculó para el subwoofer, vete subiéndole (o bajándole) de 30 en 30 cm por ejemplo (con el crossover a 80Hz) a ver si la cosa va mejorando.
Desde luego ahora está mejor que antes. Si tienes una sala rectangular existe un software (RPG Room Optimizer), al que le metes los datos de tu sala, las restricciones a la colocación de los altavoces, el oyente ... y te calcula las mejores posiciones para las cajas y oyente. Funciona bastante bien. Merece la pena hacer unas simulaciones.
Saludos.