Aunque otros compañeros del foro controlan más estos temas, es posible que no estés enviando el Dolby (AC3) o DTS como tal (bitstream) por la salida óptica de la tarjeta, sino ya decodificado a PCM. Si es así el PCM viaja por esa salida solo como estéreo.
Para comprobar lo anterior, si seleccionas el Audio AC3 (Dolby) debe encenderse el logo de Dolby en el AVR (el sintoamplificador) si la salida está en bitstream, si se enciende el Dolby Prologic es que solo le llega dos canales PCM y él está creando con ellos un 5.1 (la función del Prologic).
Si es así como sucede, revisa la configuración de sonido de la tarjeta y de altavoces y comenta de qué programa se trata y qué configuración has seleccionado.
Paso el hilo a la sala informática, en la que podrás encontrar hilos de configuaración que pueden serte útiles.