Hola pullboy, supongo que el .srt lo tienes dentro del contenedor .mkv y así no cargará los subtítulos.
Extrae el .srt con mkvtoolnix, mkvextract, seleccionando únicamente los ó el subtítulo que quieres reproducir, y lo echas al lapiz junto al .mkv.
Ya sabes que deben llevar el mísmo nombre. Ejemplo: Avatar.mkv, Avatar.srt
Subtítulos .ssa creo que no los reproduce. Los únicos que van creo que son:
Texto MPEG4 (. Ttxt), SAMI (. SMI), SubRip (. Srt), SubViewer (. Sub), MicroDVD (. Sub. Txt).
Si te encuentras que el mkv contiene archivos .ssa tendrás que pasarlos a .srt aunque perderás los estilos si los llevase.
En un par de días me llegará mi 46C8700
Un saludo