A ver, en principio para que un programa reproductor o un disco duro multimedia pueda acceder a los subtítulos en un MKV, éstos deben estar integrados DENTRO del propio MKV, junto con la película y las bandas de sonido. Recordad que el MKV (o matroska) NO es un formato de video como pueda serlo el AVI, sino un contenedor.
Sin embargo, por algún problema con el firmware que supongo arreglarán, nuestras Samsung lo que hacen es abrir el MKV y reproducir el primer códec de video y el primer códec de audio (AC3) que encuentran. Al resto no le hace caso. De hecho creo recordar que la opción de subtitulos que aparece en el botón Tools del mando sólo se activa si hay un fichero especifico de subtitulos (.srt) fuera del MKV.
La cuestión es ¿hay solución?
Pues sí: basta con usar una herramienta como el MKVMerge/MKVExtract (integrado en la "suite" MKVToolnix que podéis descargaros gratuitamente en la red) para abrir el MKV y extraer el fichero de subtítulos. Puede haber más de un fichero de subtítulos según los idiomas incluidos y si son "forzados" (sólo para cuándo en la película un personaje habla en otro idioma) o "completo" (cuando se subtitula todo).
Una vez tenemos el fichero .str, hay que asegurarse de que su nombre coincida con el nombre del fichero de la película y que esté en la misma carpeta que el MKV. Ya sólo queda ponerse a ver la peli y activar los subtítulos.
Espero haberos ayudado.
Saludos