Me alegro que vayas controlando el AVR y que esté sonando mejor el homecinema.
El Audyssey reconoce a los satélites como grandes (Large) porque tu sistema BOSE, cuando recibe la señal de prueba del AVR para cada uno de ellos, la emite tanto por ese altavoz como por el subwoofer, y el micrófono recoge frecuencias graves como si las estuviera reproduciendo un altavoz grande.
El crossover o punto de cruce, es la frecuencia donde sitúa el Audyssey el filtro de paso bajo, las frecuencias dirigidas a ese altavoz inferiores a ese punto de corte se dirigirán al SW. Como al medir cree que los altavoces reproducen todo el rango de frecuencias (realmente lo hacen pero ayudados por el SW), no pone corte alguno (Full frecuency) para los altavoces, todas las frecuencias de cada canal irán dirigidas a sus respectivos altavoces. En los BOSE, es el propio SW quien luego de recibir esa señal completa, seleccionará las inferiores a la frecuencia establecida por el fabricante (alrededor de 200Hz) para reproducirlas por el SW solamente.
Respecto al problema de no poder variar la ganancia del SW desde el AVR, una cosa es que no te aparezca el SW como disponible y otra que esté en OFF, si es esto último sitúate sobre el SW (en el AVR ), e intenta aumentar la ganancia con la flecha derecha. Si no aparece como disponible o no sirve lo anterior, entra en la configuración manual (pág.54) y establece el SW en Yes si estuviese en No.
Si a pesar de ello no aparece el SW, en la configuración manual pon todos los altavoces en Small y elige el punto de corte en 200 Hz en la configuración del SW.
Si te aparece la posibilidad de cambiar el volumen del SW sin tener que configurarlos en small, déjalos en large, y entonces podrás elegir entre la opción LFE y la LFE+MAIN (poniendo el crossover en 200), en la primera los graves de los satélites llegan por sus respectivos canales al SW y este los reproduce, en la segunda también llegan por la salida de SW, de manera que el SW tendrá doble entrada para esas frecuencias, aumentará los graves que reproduce, solo te queda decidir qué opción te gusta más.
Respecto a meterle mano a la ecualización por frecuencias determinadas para cada altavoz, podemos hacer un pan como unas tortas, primero con consejos telemáticos como estos y segundo sin tener un registro de frecuencias en tu sala. Hay personas con oído muy entrenado que, estando en tu sala, podrían decirte qué frecuencias están de más o de menos a grosso modo, pero lo ideal sería hacerse con un programa de medición, un micrófono adecuado y alguien que controle el tema para saber ajustar los resultados a una respuesta lineal ideal. También hay programas que consiguen ajustes automatizados para la sala, como el DrCOP desarrollado por los amigos de MatrixHifi.
Pero precisamente para esto tu AVR incorpora el sistema Audyssey AutoEQ, que ya hace la autoecualización automáticamente (creando la curva Audyssey Flat, o plana), y salvo por ganas de probar cosas, yo no me metería ahí.
No tengo claro, por otro lado, que para el SW tenga lo opción de gestionar sus frecuencias.