Buenas,
no todos los mkv llevan 5.1, si son en HD, habitualmente sí (excepto películas antiguas), si son SD, hay de todo.
Los cables HDMI transportan sonido y vídeo, sin embargo algunos AVR no pasan el sonido por las salidas HDMI, pero el tuyo sí lo hace.
La calidad de sonido que obtendrás con cables ópticos, coaxiales o HDMI es exactamente la misma (salvo defectos de fabricación). Es más, un cable HDMI de 200€ da la misma calidad de audio y vídeo que uno de 10€, son señales digitales, o se ve o no se ve (o aparece la imagen pixelada), no hay más.
Más info:
http://www.1080b.com/cine/la-cbc-con...on-un-timo/38/
Para poder reproducir los nuevos formatos de audio HD presentes en los Blu-Ray, necesitas un cable HDMI, con un cable óptico o coaxial sólo se pueden transmitir los Dolby Digital y DTS de toda la vida.
Así que, respuesta corta, cómprate los HDMI más baratos que encuentres y no le des más vueltas
Saludos.