Supongo que conectas el Dune al ordenador a través del usb-slave ¿no? Yo tuve problemas al formatear el disco duro desde el Dune, ni ntfs ni ext3 me los reconocía, sólo cuando lo formateé en ext2 me lo reconocía el pc sin problemas (debes tener instalado un software especial en el PC para que lo reconozca ya que son formatos linux: ext2fsd).
En cuanto a los ajustes de vídeo yo tengo lo siguiente:
Video conector: hdmi
Video mode: 1080p 50 Hz
Aspect Ratio: Auto
Autoframe Rate: 24/50/60 Hz
El video mode lo deberás ajustar según tu proyector (50 Hz se corresponde con los TV en europa, 60 Hz para USA). Si configuras autoframe rate no deberías tener problemas cuando estés viendo un contenido, el Dune lo controla automáticamente sin problemas.