No necesitas organizarlo en carpetas de ninguna manera especial. Se hace directamente desde el Yadis. Te colocas en la lista de películas disponibles sobre la que quieres hacer una saga. Botón derecho, le das a sagas y escribes el nombre. Para el resto de las pelis de la saga te basta con asociarlos a esa saga. Puedes editar la saga también desde el mismo menú, y te permite cambiar el orden, la portada de la saga (que tiene que ser la de una de las pelis que incluya) y el background.