Eso son los negros flotantes del panel, que tienen dos soluciones:
1- Reproducir el mkv con un reproductor externo compatible con 24p, y activar en la tv el modo Cinema Smooth.
2- Actualizar el logic board (más información aquí: Samsung D series FBr fix discussion - AVS Forum
En cuanto a lo que comentas de la calibración, yo no tengo sonda, pero cogiendo de base la que posteó un compañero en la página 77 de este mismo hilo, y con algún pequeño cambio (sobre todo en modo 3d) estoy muy contento con el resultado.
Un saludo.