Seguro que no incluyen capítulos verdad?...si es así algo hacen mal los ripeadores en cuestión:
"Pero para el resto de los casos, la solución está en pasar el archivo nuevamente por el mkvMerge, desactivamos los capítulos y en la pestaña opciones marcamos "deshabilitar eliminación de la compresión del encabezado.."
La alternativa es la recompresión con (multiAVCHD 4.1) que por ahora no recomiendo si hay otra alternativa como una nueva descarga.
Tranquilo no está relacionado con el tamaño del archivo, yo reproduzco sin problemas hasta 12 GB, el más grande que he pasado por el momento
Si puedes pon una captura de la primera pestaña
"entrada" con el archivo en cuestión